Osady powstałe w czasie produkcji trzeba poddać procesowi oczyszczenia. Często stosuje się wapno które zmienia pH oraz temperaturę, co pozwala zneutralizowaćusunąć bakterie. Dostępne są specjalistyczne silosy, mieszalniki służące do higienizacji osadów, które mogą posłużyć w różnych branżach. Dzięki temu oczyszczanie osadów jest procesem dostępnym dla firm z branży spożywczej czy farmaceutycznej. Silosy dedykowane do oczyszczania odpadów mogą być wyposażone w różnego typu podajniki, oraz systemy które odbierają produkt oczyszczony. Obecnie higienizacja osadów może być znacznie zautomatyzowana, można zastosować sterowanie automatyczne. W procesie oczyszczania zabezpiecza się osad przed późniejszym zanieczyszczeniem, usuwa się zapach, higienizacja osadów to proces wymagający stosunkowo niewielkich kosztów. Osady oczyszczone przy pomocy wapna można zastosować następnie w rolnictwie jako nawóz.